科学网-崔雷的博客首页

摘要转化研究就是将基础科学研究与患者治疗的改善结合起来的过程。从实质上讲，这个过程需要广泛的技术和资源，一般不会在单个个体内发生。本研究调查了俄勒冈临床与转化研究所(OCTRI) 发表论文的研究人员在协作上的特点，探索如何把不同专业的科学家结合起来促进转化性研究。调研的指标是作者连接程度和研究主题的互补程度。作者连接程度用OCTRI合著网络中的平均通道长度(APL)和群系数来表示，连接程度高或者...

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标题：该打开窗子了

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就是为了赶上这个本专业最高水平的年会之一，我选定了后半年出国，可喜的是，今年的年会就在华盛顿开。可是临近的时候，还踌躇了，因为没有报名注册，怕去了被人撵出来。还好，前来开会的学生告诉我，没有人把门，你去吧。我战战兢兢的和我的老板去了。还好，大大方方地坐下，聆听思索，真是受益匪浅。10年前在奥兰多参加会议的时候，啥也听不懂，就是看个热闹，感受一下而已，既有语言的因素，更有专业的因素。如今听起来，即...

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标题：专业发展乱弹

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9月中下旬，中华医学会信息学会的年会在太原召开，我是9月11日出国，所以没赶上。会后，大致浏览了会议论文，也问了参加会议的学生，了解到什么内容了，答曰：21世纪，人人健康。就是说，我的学生通过大会，除了知道谁的论文获奖之外，还知道了关于国际和国家卫生政策的方向，算是没有白去吧。这几天，华盛顿地面上医学信息学的活动也频繁起来，因为美国医学信息学年会在这里召开了。一时间，“谈笑有鸿儒，往...

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标题：也来建一个本体

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据说游泳教练不一定会游泳，所以，尽管指导了2个学生开发本体，其实自己真的没上手操练起来。虽然原理都明白，毕竟是纸上谈兵，叶公好龙，滥竽充数，到了这里准备独奏了，踏踏实实地从头到尾地把这个过程走一遍，也算不枉此行，毕竟这里的老师都有经验。建立本体不等于会使用本体编辑器（比如我用的Protege），而是对要表现领域的概念和概念关系有一个清楚的理解，想着如何设计出来一个东西，让大家都认为通过你...

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标题：相"望"于江湖

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黄色的大江里，一条黄色的鱼顺着奔腾的激流呼啸而下，偶然间他遇到了一个出口，也许是累了，也许是好奇，他顺着支流来到了一个湖里：这是一个洁净而又平静的湖，这里生活着和他肤色不一样的白色的鱼。这里正是他向往的地方，在内心深处，他真的想思索一下过去在大江里的生活，因为在江里的时候，一路走得匆忙，几乎没有时间思考。就在这个时候，他遇到了许多先前来到这里的同类，这些昔日的好朋友热情地慰问他，关心他，让他...

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标题：通过矩阵分解从生物医学文献中抽取未知的基因关系（翻译文摘）

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背景构建出基于医学文献的基因相互作用网络是文本挖掘在生物信息学中最为重要的应用。从生物医学文献中抽取潜在的基因关系有助于建立生物医学假说，而假说可以通过实验进一步探索之。最近，基于奇异值分解（singular value decomposition）的潜在语义标引（latent semantic indexing）已经应用于基因检索上。然而，用于降低秩矩阵的因子K的取值仍然是一个悬而未解的问题。...

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标题：华盛顿一日游

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10月4日，周六，我和陈新，梁建民两位小朋友一起去中国城和白宫一带游玩。这一天，风和日丽，秋高气爽。我们手拉着手，唱着歌儿，心情别提多高兴了。我们先到了华盛顿著名的中国城，这里规模要比纽约的唐人街小多了，除了几家餐馆，没有什么东西。我们在据老梁说是霍元甲后代开的大新杂货铺打听到了一家叫做高雅美发的理发馆，里面有一位40多岁的阿姨，一把椅子，一面镜子，我花了12美元剪去了烦恼丝，类似小队会计的发型...

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标题：生物医学文本挖掘:概念识别

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信息抽取是指在非结构化的自然语言文本中定位相应的结构化数据单元，从而使自由文本数据成为相应的结构化数据，它是文本挖掘的前期步骤和基础。信息抽取的一个基本应用是识别文本中出现的概念，这是许多研究项目的基础。例如一个系统要在文献中确定基因与蛋白质的相互作用，首先该系统要判定哪些词表示基因，那些代表蛋白质。一个有效的系统必须能够扫描文档，并提取出相关的概念。概念识别的发展背景最早开展识...

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